Etwa 300 Jahre nach der Klostergründung, im Jahr 1528 setzte die Reformation (3) dem Barfüßerkloster in Lindau ein Ende. Die Stadt übernahm die Gebäude und nutzte sie für Wohnungen, eine Bibliothek und Schulräume. Friedhof und Weingarten des Klosters fanden als Brettermarkt Verwendung und heute als Schul- und Pausenhof. Die Klosterkirche diente ab 1658 über 200 Jahre lang als evangelische Kirche, heute beherbergt sie das Lindauer Stadttheater.
Im Jahr 1536 wurden in Lindau die lateinische Schule für die Kinder aus den höheren Ständen und die deutsche Schule für die Kinder der kleineren Bürger getrennt. Letztere wurde als städtische Schule (4) in den Klosterräumlichkeiten untergebracht. 1581 wurden hier 186 Knaben (ungefähr halb so viele wie heute) unterrichtet. 1641 zog die Lateinschule in das Gebäude mit ein. Bereits im Jahr 1780 wurde über die Disziplinlosigkeit der Schüler geklagt:
"Immer wieder muss der Rat mahnen, die Kinder sollten nach der Torglocke nicht mehr auf der Straße bleiben und nicht so viel Lärm und Unfug machen, das wilde, wüste und ungezogene Aufführen auf den Straßen unterlassen; dann wird geklagt, dass sie in der Kirche einen solchen Lärm verführen, dass man den Geistlichen kaum verstehe. Wiederholt wird der mutwilligen Jugend verboten, mit Würfeln, Karten, Messerlein oder Kluckern um Geld zu spielen, und es wird ihnen, den Eltern und allen, die solches befördern, Turm und Narrenhäuslein angedroht."
Ebenfalls 1780 wurden der Lateinschule die sog. Realklassen angeschlossen. Sie boten eine praktisch und kaufmännisch orientierte Ausbildung, außerdem Zeichnen, Musik, und Sprachunterricht in Französisch, Italienisch und Deutsch. In späterer Zeit werden sie als Bürgerschule weitergeführt und münden in die Volksschule. Dagegen wurde die alte Lateinschule 1811 eingestellt, weil die Lindauer eher an einer kaufmännischen Ausbildung interessiert waren. Der wirtschaftliche Aufschwung der Stadt Lindau in der Mitte des 19. Jahrhunderts schlägt sich auch in der Förderung des Schulsystems nieder. 1859 befindet sich die Königliche Gewerbs- und Handelsschule im Klosterbau, der eigentliche Vorläufer unserer Realschule. 1877 wird die Schule auf sechs Klassen erweitert. Bis zum Beginn des 20. Jahrhunderts mussten die Gebäude mehrfach ausgebaut werden, da die Lehranstalt einen guten Ruf im In- und Ausland genoss. Am 24. Mai 1955 wurde die "Staatliche Mittelschule" auf Veranlassung des Bayerischen Staatsministeriums für Unterricht und Kultus als eigener Schultyp für Lindau installiert. Der Schulalltag begann für 89 Schüler in zwei Klassen am 1. September 1955. Das zu dieser Zeit ebenfalls im Kloster untergebrachte Gymnasium zog 1959 aufs Festland um. Die Knabenrealschule, so wie wir sie heute noch haben, wurde am 29. Januar 1960 eingeweiht. Natürlich musste das ehemalige Klostergebäude immer wieder renoviert und ausgebaut werden, um den Ansprüchen einer modernen Schule zu genügen. Aber immer noch kann man das alte Gebäude erkennen.
(1)
Die Barfüßermönche gehören zum Orden der Franziskaner. Sie entschieden sich sehr bewusst für ein Leben in Armut, weswegen sie ohne Schuhe oder barfuss gingen. Das Wort Gottes predigten sie v.a. durch die Tat: Sie pflegten Kranke und unterstützten Arme und Rechtlose. Das Volk liebte sie deswegen und trug mit Almosen zum Lebensunterhalt der Mönche bei, woraus sich in Lindau sofort Händel mit dem konkurrierenden Pfarrer von St. Stephan ergab, der meinte, "es möchten ime diese münch in einem und dem andern abbruch thun".
(2)
Die Kirchen und Klöster der Barfüßer waren von äußerst schlichter Bauart, was man auch in Lindau sehen kann. Die Kirche besaß keinen Turm das wäre zuviel Prunk gewesen, sondern nur einen Dachreiter für die Glocke. Die rechteckige Saalkirche in Lindau hatte kein Querschiff und war völlig unverziert.
(3)
Arm und volksnah, wie die Barfüßer waren, waren sie besonders empfänglich für die Reformpläne, die sich gegen die Entsittlichung und Verweltlichung der katholischen Kirche richteten. Die erste evangelische Predigt in Lindau wurde daher vom Lehrmeister der Barfüßer, Michael Hugo, 1522 gehalten. In seiner Nachfolge wechselten viele Mönche zum evangelischen Glauben über und verließen das Kloster. So gab es 1528, vor der Schließung des Klosters, gerade noch vier Mönche.
(4)
Während die Lateinschule unentgeltlich besucht werden konnte, musste an der deutschen Schule Schulgeld bezahlt werden. Dafür erhielt man eine solide kaufmännische Ausbildung: Rechenunterricht mit praktischer Anwendung, Lesen, Schreiben und Religion.